สำนักงานสาธารณสุขอำเภอคลองหอยโข่ง มีหน้าที่ จัดทำยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพ กำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงาน รพ.สต. ในเขตอำเภอเพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการด้านสาธารณสุขที่มีคุณภาพ และมีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านผลิตภัณฑ์สุขภาพ ตามบริบทของพื้นที่อย่างเหมาะสม

สำนักงานสาธารณสุขอำเภอคลองหอยโข่ง ยึดมั่นหลักธรรมาภิบาล (Good Governance) การทำงานเป็นทีม (Team work) มุ่งประสิทธิภาพ ความโปร่งใส เป็นธรรม และตรวจสอบได้ เพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน ภายใต้ทรัพยากรที่จำกัด โดยถือว่าบุคลากรที่เสียสละ คือ ความภาคภูมิใจขององค์กร